Witam
Ja bym proponował takie rozwiązanie
1. Skopiować wszystkie dane na wszelki wypadek - w bezpieczne miejsce np. Dropbox.com, lub na inny dysk zrobić kopie bezpieczeństwa.
2. Sprawdzić dysk czy nie ma "Bad" sektorów co może powodować wolniejszą pracę, chodź wątpcie , podejrzewam ze może dysk ci padać, a jeśli głowica uderzała by o dysk, czyli to tak zwane stukanie to wcześniej czy później dysk się do końca zepsuje.