Próbowałeś czyścić pamięć podręczną? w menu kafelkowym wysuń CharmBar (ten po prawej), kliknij ustawienia, potem Kafelki i Wyczyść informacje osobiste z kafelków. Masz może aktualizację Update 1 ?
Ad 1: Wiem o przełączniku /f - nie zaszkodzi :-)
Ad 2: Skoro używa jako dysku zewnętrznego to na 98% nie ma innego bootloadera. Gdyby miał i go używał, to nie zadawałby tu takich pytań ;-) (no offence)
Jakie parametry do chkdsk? Podłącz bezpośrednio do komputera (z opisu sądzę, że podpinasz przez USB - przy okazji: kabel sprawny?), uruchom jeszcze raz tak na tym dysku:
chkdsk /f /r /x
Spróbuj jeszcze na koniec (w konsoli odzyskiwania)
fixmbr